虽说满清在前几年向东印度公司购买了数艘风帆战列舰，英国海军部还组织了军官团来华培训，顺手参加了长兴岛海战，跟清军一起被北海军蹂躏了一把，可说起来，清廷对英国人在南亚次大陆的势力分布并不清楚，某些官员甚至还将东印度公司单独称为“红毛国”。
比如在稍早的正月十六日，四川总督孙士毅在发往京城的一封奏折里，就专门汇报了相关情况。这份奏折的内容，是孙士毅询问委守备严廷良去沙阿王国首都阳布的经过；此人在两年前的藏廓和谈期间，曾先后去过廓尔喀两次，对当地情况有一定了解，也是清廷探知廓尔喀情报的重要来源之一。
“......据严廷良称，到过廓尔喀地方两次。自济咙出口约走七八日到阳布，往南约走五六日就是红毛国，以外就是西洋。其廓尔喀地面东西约八九百里，南北约七百里，与廓尔喀接壤共有二十余处部落地方......”
孙士毅怎么说还当过几年两广总督呢，英国东印度公司在广州就有贸易站，连他都稀里糊涂，更别说其他人了。
造成这种情况的主要原因就是清廷对地理信息的严格管控，另外出于“满汉之防”的考虑，满清严禁汉族士人菁英接触到涉及边疆、军事、防务等关于带清统治存续的地理知识，相关信息和资料都集中在内廷，只有乾隆本人才有资格调阅。
比如在成书于雍正八年的《海国闻见录》里，曾详细介绍了英国东印度公司在孟加拉、苏拉特、孟买等三处殖民地的情况，并明确指出英国人在印度次大陆的殖民地最北端与西藏接壤。然而此书后来被编入了《四库全书》，再也不许在民间流传。
在另一时空的历史上，是先有第二次清廓战争，然后才有马戛尔尼访华。当时清廷为了搞清楚英国人是否在清廓战争里提供协助，曾专门就红毛国、披愣和英属印度这三个貌似不相关势力的相互关系询问马戛尔尼。尽管马戛尔尼在不了解战争的情况下就对此问题予以了否认，可清廷还是通过对廓尔喀战俘的审问确定了红毛国就是英属印度。两年后，乾隆又通过和英王乔治三世的通信，再次印证了这一判断。
到了三月中旬，刚刚拜谒完清西陵，并准备巡幸五台山的乾隆传谕军机大臣，授福康安为“抚远大将军”。消息一出，震动朝野。捎带手的，负责押运军需物资的和琳也在两天后得到了提拔，从正蓝旗汉军副都统升为镶白旗满洲副都统。
要知道满清自入关以来被授予“抚远大将军”一职的，算上福康安一共只有十位。除了个别碌碌无为的，无不是肩负开疆拓土之责。
乾隆在上谕里虽然说是为了朝廷的威严尊重，使番众生畏，贼匪破胆。可他也是借此向军机大臣和福康安明确对廓尔喀作战的总体战略，即“痛加歼戮以灭其国，尽夺其土。”
为了实现这一作战目标，清廷无论是从调兵人数还是物资军费上都是竭尽全力。
在兵源的调派上，四川提督成德、总兵穆克登阿、绿营总兵张芝元已经率领由藤牌兵、金川土兵和绿营组成的三千兵马先行进藏，随后还将有五千金川土兵沿川藏线陆续抵达。而在青藏线方向，除了由台斐英阿和一百巴图鲁侍卫章京率领的一千五百索伦兵外，还有驻藏办事大臣和琳率领的两千健锐营、五百八旗火器营、青海三十九族番兵、以及少数八旗蒙古兵等。
如此一来，两路人马的总兵力预计将超过一万八千人。
原本朝中还有人建议从云贵征调番兵，不过乾隆在经过审慎考虑后，否决了这项劳师袭远的提议。这主要是由于川兵中的金川土兵远比云贵番兵作战勇猛，之前的“大小金川之战”就足以证明。这些土兵完全适应高寒地域作战，且攀岩能力较强；要知道川藏线上的打箭炉地区，跬步皆山，马匹难行，且沿途都是羊肠山道，惟有金川兵视若平地。
在后勤物资的准备上，清廷也是拿出了吃奶的力气。福康安和成德经过一个多月的筹措，以藏地现有的十四万石粮食储备和牛羊数量，可供大军近一年的用量。另外在青藏线方向，陕甘总督勒保、青海办事大臣奎舒奉旨预为筹办乘骑、运畜、粮秣、柴薪、台站、向导等事宜；川藏线方向，由四川总督孙士毅、参赞大臣惠龄奉旨筹办粮草。
在军费的筹措上，除了户部先行调拨的三百万两，还有长芦盐商和山东商人报效的五十万两、两浙商人何永和捐献的八十万两，另外就是在四川、云贵、湖广征收名为“帮帖款”的官府摊派。
三月下旬，福康安派人向廓尔喀摄政王巴哈都尔发出檄谕，口气极为强硬：
“......近接尔呈成德的信内称藏人背弃前言，不给银两，因此细事争竞。尔即应将实在情形，禀明天朝驻藏大臣，听候查办，或驻藏大臣不为申理，亦应禀知总督、将军等，自必为尔秉公判断。且尔既曾派头人进贡，即欲具表遣头人赍奏大皇帝，谁能将尔差人阻抑，乃竟敢称兵占据边界，毁坏抢掠扎什伦布！尔岂不思卫藏之地即天朝之地，岂容作践！现今奉命统军来讨，尔等从前所议钱债细事，概不值理论，断不似从前与尔说和完事！”
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