离开了霓虹市之后，小智三人来到了以大溪谷景色而闻名世界的大傻谷。
小智本来是不知道该怎么和小霞小刚解释要绕路来这个地方的，但是好在一通电话解救了他。
之前遇到的神奇宝贝研究员正辉博士，邀请小智来大傻谷一起研究神奇宝贝的化石，这一通电话可以说是正中小智的下怀。
也省去了小智和小霞小刚介绍大傻谷有什么的功夫。
于是乎，小智在霓虹市交换了一番自己的神奇宝贝之后，除了三大主力以外，带着喷火龙，妙蛙种子以及杰尼龟前往了大傻谷。
等到他们到达的时候，这里面早已经人山人海络绎不绝了。
一大群人拿着铁锹和镐，卖力的进行着环境破坏。
“这不是小智吗？难道你也是听说了化石的消息过来的？不对，你的装束太普通了！我明白了，你一定是凑巧路过的，对不对！被我发现了，吊车尾的小智！”
不用怀疑，能这么打击小智的一定是小茂。
“所以小茂你是来挖化石的？”小智笑问道。
“当然了！你看！”小茂拿出了一块螺旋状的石头，“我已经提前挖到化石了！”
“但是那块石头是神奇宝贝的大便化石啊…”不远处的一句话让小茂恶心了个够呛，连忙走到一边用力的擦手。
“正辉博士！”小智等人见到来人急忙上前打招呼。
“小智，你们终于来了。我真的迫不及待的想要开始研究了呢。”正辉兴奋的对小智说道，“你知道吗？我头一次觉得自己离梦想这么近啊！”
“我会全力帮助您的。”对于朋友，小智自然是大方无比。
“不知道他们顺不顺利啊喵~”这时候，山谷的对侧出现了喵喵的声音。
小智等人偷偷摸过去，却听到喵喵和火箭队等人的对话，竟然是要炸掉大傻谷！
“又是你们！不可以，你们不可以做那样的事情！如果炸掉岩盘，不光是挖掘化石的人，沉睡的神奇宝贝也将受到伤害！”正辉冲动的冲了过去。
“是那个搞行为艺术的博士啊喵~不过，你已经来晚了喵！”喵喵随意的一指，小智等人才发现原来引线已经快要烧到山脚下了。
“可恶！”正辉奋不顾身的冲了过去，小智等人则是紧随其后。
“别想过去！”武藏和小次郎放出了自己的神奇宝贝开始纠缠，众人一路打闹，正辉博士最后也没有截断引线，只能眼睁睁的看着炸弹爆炸。
地面被炸出了一个巨大的裂缝，小智一方和火箭队全都掉进了洞里。
“沙奈朵！”拥有超能女皇，小智等人自然是在念力的控制下平安着陆，但是火箭队可就没这么幸运了，直接摔了个嘴啃泥。
暴脾气的小霞自然的和武藏吵了起来，果然，女人凑在一起就是敌人啊。
女人和少女的吵架声吵醒了沉睡的化石神奇宝贝，洞窟深处一阵红光闪烁！
那是绝种的化石神奇宝贝释放出的不善的目光！
看到对方人数众多，火箭队几人没骨气的跑了。
“没错！是它们…就是它们，是绝种的化石神奇宝贝！是菊石兽，多刺菊石兽，化石盔和镰刀盔！天呐，绝种了几万年了！我终于看到了，毕生的梦想啊，我毕生的梦想啊！”正辉死死抓着小智的手，竟然失声痛哭。
同样作为研究员，小智极为理解正辉的心情，当初他看到沙奈朵羁绊进化的时候，也是同样的心情。
不过现在显然不是宣泄情感的时候！这群家伙不怎么友好啊。
“妙蛙种子，杰尼龟，上吧！”小智这个时候扔出了宝贝球，“目标镰刀盔和多刺菊石兽！”
小智的目标是两只进化型，只见杰尼龟释放了水炮，妙蛙种子使用了飞叶快刀攻向了两只神奇宝贝！
杰尼龟的攻击伤害只是一般，但是妙蛙种子的草系绝招可是实打实的四倍克！
镰刀盔勉强抵挡了几记飞叶快刀之后，被更多的叶子打中，紧接着就被妙蛙种子强有力的藤鞭抽晕。
而杰尼龟对战多刺菊石兽，虽然属性半斤八两，但是小智这个臭不要脸的竟然让杰尼龟专门学习了一门格斗技能！
两记瓦割出手，多刺菊石兽就算是缩壳也免不了翻白眼，被小智轻松收服。
杰尼龟身上泛起了白光，进化成了卡咪龟！
“小霞，小刚，你们也收服啊，这可是水系和岩石系的神奇宝贝！”来不及庆祝杰尼龟的进化，小智回身焦急的对小霞和小刚叫道。
两人这才如梦初醒。
小霞派出了宝石海星，小刚则派出了大岩蛇，进化型已经被小智打败，剩下的化石盔和菊石兽完全不是对手。
最后，小霞收服了一只菊石兽，小刚则是菊石兽和化石盔都有斩获。
“小智…”正辉欲言又止。
“我明白的…博士。”小智一看正辉的样子就知道他想要说什么，将最后的化石盔打败之后，把宝贝球送给了正辉。
那是他研究了最长时间的神奇宝贝，小智和正辉刚刚遇见的时候，他不就穿着化石盔的衣服吗？
“我收服的神奇宝贝会寄放在大木研究所，那里肯定要比这个已经不再秘密的大傻谷要安全。”小智笑道，“博士有机会要去拜访啊。”
“一定，一定会的！”正辉感激道，“小智，我真的不知道该怎么感谢你才好啊。”
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