就在平准战争取得完全胜利的当年，乾隆将天山南北和巴尔喀什湖一带命名为“新疆”，寓意为“故土新归”。根据他的指示，清廷后来在伊犁设置了伊犁将军府，伊犁将军由皇帝直接任命，全面掌管新疆事务，另在部分地区引进了内地郡县制。
为了恢复新疆经济和就地解决驻军口粮，乾隆先后从内地迁去大批移民，与驻军一起进行屯田、屯牧。这一措施颇见成效，不到二十年的时间，屯田已达五十六万多亩，陕甘总督文绶前往视察，从巴里坤走到乌鲁木齐，一路都能看到地肥水饶、商贾云集的兴旺景象。
据文绶说，他在巡查中曾遇到过内地前来当佣工的老百姓，他们也反映新疆地广粮贱，佣工一个月可拿到一二两银的工钱，生活上绰绰有余。虽然文绶所述可能有些夸张，但新疆经济在战乱后得到快速恢复和发展，应该是一个不争的事实。
其实准噶尔索布到了这种地步，想让经济不去恢复都是很难的，因为破坏的实在是太严重了，但凡做点儿什么都可以归属于经济重建的范畴。
另外清军对于当地百姓的残害，也因为环球集团的参预并没有演变得更加恶劣。虽然壮丁还是大部分都被杀死了，但环球集团还是在巴里坤附近买下了不少人口，尤其是那些妇女儿童，环球集团非常愿意为他们提供一个可以生存的安置点。他们家会沿着蒙古移民的迁徙线路穿过哈萨克草原之后到达伊朗境内，然后从那里的港口出发前往世界各地的环球集团殖民地。
不过，即便海宁采取了这样那样的措施，也无法阻止清朝的凶残恶名在天山南北传播。这样一来一星期开始就不愿意沉浮于清朝的人，终于找到了借口来维护自己的统治。这些人的躁动不安也就成为了乾隆皇帝，仍然希望环球集团给予他们以军事支持的缘由。
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