黄冈起义再次暴露了旧式清军的不堪。
候补千总蔡河宗反正，掉转枪口，冲入协署，擒杀司官巡抚王绳武，守城把总许登科，并俘虏了黄冈同知谢兰馨，都司隆熙等，义军大获全胜。
其时，水师提督李准已经率广东巡防军大部前往廉州、钦州、防城，参与封锁围剿复兴会的革命军。广东清军的兵力不足，地方防守虚弱，只有潮州镇总兵黄金福能够就近剿攻，但他手下只有三个巡防营九百多人，兵力亦不充裕，并不敢轻易出动。
而攻克黄冈的义军在旧都司衙门成立军政府，举许雪秋为司令，陈涌波、余既成为副司令，以“广东国民军大都督孙”的名义布告安民，宣称“为官府苛税，民甚难堪，专欲除暴安良”，并颁发纪律十余款。同时，军政府又要地方殷富交银献米，“富室均被勒提军费，为数甚巨”。
潮、惠、梅等地向来会党林立，黄冈起义立时引得周边会党成员纷纷前来，一些贫苦百姓也来参加义军，很快便发展到五、六千人。许雪秋坐镇黄冈，其他义军则兵分两路，一路由陈涌波率领，直趋汕头；另一路由余既成率领，直接奔向潮州，攻击黄金福部清军。
余既成所部抵达潮州时，天已黎明，而黄金福部清军早有准备，攻城失利。进攻潮汕之义军，得知潮州失利，即改变计划，转援余部义军。两路会攻黄金福清军，由于义军的土炮威力不大，枪械弹药亦是不多，依然无法攻破潮州。
黄冈的许雪秋闻讯，又派人至香港，催促购买枪械、速速接济之事。但事情显然并不象他所想的那样简单，因为同盟会内部正经历着一场内讧，在日本购买枪械之事已经搁浅。
……………
萍浏醴起义被镇压后，两江总督端方、湖广总督张之洞纷纷上奏朝廷，声称起义与北辰有关，清政府遂向日本提出来逮捕并引渡北辰的要求。日本西园寺内阁接到清廷的照会之后，经过一番紧急协商，终于找到了一个完美的解决方案。
一方面，日本向清政府表示宣布驱逐孙中山出境；另一方面，考虑到革命党人将来革命成功后，要与中国继续保持友好关系，便不宜得罪革命党人。于是，日本政府通过黑龙会首脑内田良平和宫崎寅藏等人通知北辰，要求他迅速离开日本。同时日本政府又答应资助孙中山五千元，另有一日本商人铃木久五郎也愿资助一万元，作为北辰离日的经费。
北辰接受了赠款后，便偕胡汉民等人离日南下。由于他未向同盟会本部公开赠款的问题，以致于引起一些会员的不满和怀疑，围绕着经费问题，掀起了第一次倒孙风潮。
离开日本时，北辰留下两千元给章太炎，作为《民报》的经费。但章太炎嫌少，认为应该将日商资助的一万元全部留下，由此对北辰产生了意见。后来又得知北辰还接受日本政府资助五千元一事，立时开始大闹起来。
“受贿！孙W被收买了！”
“此举有损同盟会的威信！”
章太炎更是火气冲天，撕下挂在民报社的孙ZS相片，然后批上了“卖《民报》之孙W应即撤去”等字。这还不解气，他以为孙ZS在同盟会香港分会，便又将批了字的相片寄到香港，以示羞辱。
同盟会内部的“反孙”声浪进一步高涨，章太炎、刘师培、谭人凤等人纷纷要求主持同盟会本部工作的刘揆一召开大会，罢免孙ZS的总理职务，改选黄X继任。
内部纷争终于还是影响到了外部起事。此时正值孙ZS派萱野长知赴日购枪械，在宫崎寅藏协助下，本来已洽谈购得村田式快枪二千支。但是章太炎等人却认为武器陈旧不宜作战，以《民报》社名义发明码电报给香港《中国日报》，说是“械劣难用，请停止另购”。因而，购械计划搁浅。
这次倒孙风潮虽然因孙W的自我坚持和黄X的反对而没有发展下去，从表面上看，似乎得以平息了。但在革命党内部，一些反对或者不满孙W的情绪还继续存在。而由此带来的负面效应很是明显，孙ZS后来也不太过问同盟会本部事务，而同盟会组织也渐有涣散之势。
首先是光复会退出了同盟会，仍以本会的名义独自进行活动；其次是不满孙W把运动革命的重心放在华南，对于长江流域的革命未给予足够重视的一批同盟会会员，如张伯祥、邓文恽、焦达峰、方潜等人，成立共进会，改平均地权为平均人权，另行设计十八星旗，在某种程度上与同盟会作了很大的区隔。
冰冻三尺，非一日之寒。同盟会成立之初便有着先天的不足和缺陷，革命团体之间宗旨异趣，“弥隙难缝”，终于还是逐渐涣散。
尽管黄冈起义没有得到外部饷械的支援，颓势渐显，但却得到了另一场起义的呼应。
兴中会已故会员郑士良的助手邓子瑜，奉北辰之命联络三合会陈纯等首领，纠合了二三百人，一举占领了七女湖镇，并夺得该镇巡防营的械弹。而后，克泰尾、杨村、三达，攻占杨村西南，夺得博罗东北。旋又在八子爷打败清营管带洪兆麟，转而向南，横行于归善之东。清军四个营，对此无可奈何。
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